Lek należy podać głęboko podskórnie, po czym należy uciskać miejsce wstrzyknięcia przez około 5 minut. Dawkowanie jest indywidualne. Dzieci w wieku poniżej 5 lat zazwyczaj nie są odpowiednimi kandydatami do immunoterapii, ze względu na większe niż u dorosłych prawdopodobieństwo problemów ze współpracą i akceptacją leczenia. W przypadku alergenów sezonowych leczenie należy rozpocząć do 7 tyg. przed oczekiwanym sezonem pylenia i zakończyć ok. 1 tyg. przed początkiem pylenia. Przed rozpoczęciem iniekcji pacjent nie może mieć ostrych objawów chorobowych (objawów alergicznych, np. alergicznego nieżytu nosa, spojówek, przeziębienia), a w szczególności dolegliwości astmatycznych. Początkowo podaje się najmniejszą dawkę stężenia A, co 7-14 dni zwiększając dawkę do osiągnięcia indywidualnej dawki maksymalnej (nie większej niż 0,6 ml roztworu o stężeniu B).
W przypadku gdy rozpoczęcie terapii przedsezonowej poprzedza znacznie naturalny okres pylenia, po 2 tyg. od osiągnięcia indywidualnej dawki maksymalnej można wykonać kolejną iniekcję, a następnie wydłużać przerwy między następnymi podaniami do 4-8 tyg., kończąc podawanie preparatu do 1 tyg. przed spodziewanym początkiem pylenia. Standardowy schemat leczenia początkowego to: 0,1 ml, 0,2 ml, 0,4 ml, 0,8 ml stężenia A i 0,15 ml, 0,3 ml, 0,6 ml stężenia B. U dorosłych pacjentów, leczenie początkowe za pomocą alergoidów traw/zbóż można przeprowadzić także za pomocą schematu przyspieszonego: 0,2 ml, 0,6 ml stężenia A i 0,2 ml, 0,6 ml stężenia B.
Dawkę można zwiększać tylko w przypadku dobrej tolerancji ostatnio podanej dawki, w przeciwnym razie należy utrzymać lub zmniejszyć ostatnio stosowaną dawkę. W przypadku nasilonej reakcji miejscowej należy powtórzyć ostatnią dobrze tolerowaną dawkę; w przypadku łagodnej reakcji uogólnionej, jeśli stosuje się schemat standardowego zwiększania dawki należy cofnąć się w schemacie dawkowania o 2-3 dawki, jeśli stosuje się schemat przyspieszonego zwiększania dawki, należy cofnąć się o jedną dawkę w schemacie; w przypadku wystąpienia drugiej łagodnej reakcji uogólnionej lub ciężkiej reakcji uogólnionej leczenie należy rozpocząć od najmniejszej dawki stężenia A według schematu standardowego zwiększania dawki.
Dalszy przebieg leczenia należy bezwzględnie dostosować do nasilenia alergicznych reakcji niepożądanych. W dalszym leczeniu można, przy zachowaniu zalecanych przerw pomiędzy wstrzyknięciami, wprowadzić do schematu dawki pośrednie.
Jeżeli przerwano leczenie początkowe na 2-4 tyg. należy cofnąć się o 1 dawkę w podawanych schemacie dawkowania; jeżeli przerwa wyniosła >4 tyg., należy rozpocząć leczenie od stężenia A. Leczenie trwa zwykle 3 lata, w miarę możliwości rok po wyraźnym złagodzeniu objawów lub ich ustąpieniu.
Po każdym wstrzyknięciu chorego należy obserwować przez co najmniej 30 minut, po czym należy ocenić stan pacjenta. Jeśli prowadzona jest terapia równoległa preparatami w postaci depot, należy zachować co najmniej 30-minutowy odstęp pomiędzy wstrzyknięciami; drugą iniekcję można wykonać dopiero po stwierdzeniu, że pierwsza nie wywołała reakcji niepożądanej.
Terapię równoległą można prowadzić wyłącznie według schematu standardowego zwiększania dawki. Zaleca się zachowanie 2-3-dniowego odstępu pomiędzy wstrzyknięciami, ale przerwa pomiędzy iniekcjami tego samego wyciągu nie powinna trwać krócej niż 7 dni; zaleca się ponadto podawanie każdego wyciągu alergenowego w oddzielne ramię.