Zesztywniające zapalenie stawów kręgosłupa jest chorobą, której dokładne przyczyny nie są jeszcze dobrze znane. Wiadomo jednak, że ma to związek z genetyką – szczególnie z genem HLA-B27. Jest również możliwe, że infekcje bądź urazy mogą powodować stan zapalny w stawach kręgosłupa. Ponadto, badania pokazują, że palenie tytoniu może zwiększać ryzyko rozwoju choroby.