Dawkowanie leku flukonazol zależy od rodzaju choroby oraz wieku pacjenta. W zależności od schorzenia zalecana dawka leku może być inna.
W przypadku kryptokokowego zapalenia opon mózgowo-rdzeniowych dorośli powinni przyjmować 400 mg leku w pierwszym dniu, a następnie 200-400 mg raz dziennie przez 6-8 tygodni. W przypadku ciężkich infekcji dawkę można zwiększyć do 800 mg dziennie. Dzieci do 11 roku życia powinny przyjmować 6-12 mg leku na kilogram masy ciała dziennie.
W przypadku kokcydioidomykozy dorośli powinni przyjmować 200-400 mg leku dziennie przez 11-24 miesiące.
W przypadku kandydoz inwazyjnych dorośli powinni przyjmować 800 mg leku w pierwszym dniu, a następnie 400 mg raz dziennie przez 2 tygodnie od negatywnego wyniku posiewu krwi i ustąpienia objawów. Dzieci do 11 roku życia powinny przyjmować 6-12 mg leku na kilogram masy ciała dziennie.
W przypadku kandydozy błony śluzowej jamy ustnej, gardła i przełyku, dorośli powinni przyjmować 200-400 mg leku w pierwszym dniu, a następnie 100-200 mg raz dziennie przez 7-21 dni w przypadku kandydozy jamy ustnej i gardła oraz 14-30 dni w przypadku kandydozy przełyku. Dzieci do 11 roku życia powinny przyjmować 1 dawkę 6 mg leku na kilogram masy ciała w pierwszym dniu, a następnie 3 mg leku na kilogram masy ciała raz dziennie.
W przypadku występowania drożdżaków w moczu dorośli powinni przyjmować 200-400 mg leku dziennie przez 7-21 dni.
W przypadku przewlekłej kandydozy skóry i błon śluzowych dorośli powinni przyjmować 50-100 mg leku dziennie przez okres do 28 dni lub dłużej u osób z ciężkim upośledzeniem czynności układu immunologicznego.
W przypadku przewlekłej zanikowej kandydozy jamy ustnej (związanej z używaniem protez zębowych), jeśli higiena jamy ustnej lub leczenie miejscowe są niewystarczające, dorośli powinni przyjmować 50 mg leku raz dziennie przez 14 dni.
W przypadku zapobiegania nawrotom kandydozy błony śluzowej jamy ustnej, gardła i przełyku u osób zarażonych HIV (u których jest zwiększone ryzyko nawrotów), dorośli powinni przyjmować 100-200 mg leku raz dziennie lub 200 mg trzy razy w tygodniu przez nieokreślony czas.
W przypadku kandydozy narządów płciowych (ostrej lub nawracającej drożdżycy pochwy, drożdżakowego zapalenia żołędzi), gdy leczenie miejscowe jest niewystarczające, dorośli powinni przyjąć jednorazowo 150 mg leku. W przypadku leczenia i zapobiegania nawrotom drożdżycy pochwy (≥4 zakażeń w roku), dorośli powinni przyjmować 150 mg leku co 3. dzień (w 1., 4. i 7. dniu), a następnie 150 mg raz w tygodniu przez 6 miesięcy. Nie określono bezpieczeństwa i skuteczności stosowania leku u dzieci i młodzieży. W razie konieczności u młodzieży w wieku 12-17 lat zaleca się stosowanie dawek jak u dorosłych.
W przypadku grzybic skóry (w tym stóp, tułowia, podudzi), kandydozy skóry właściwej, gdy zalecane jest podjęcie leczenia ogólnoustrojowego, dorośli powinni przyjmować 150 mg leku raz w tygodniu lub 50 mg leku raz dziennie przez 2-4 tygodnie w przypadku grzybicy stóp, aż do 6 tygodni.
W przypadku łuszczycy pstrym, dorośli powinni przyjmować 300-400 mg leku raz w tygodniu przez 7-21 dni lub 50 mg leku raz dziennie przez 14-28 dni.
W przypadku grzybicy paznokci, gdy inne leki są nieodpowiednie, dorośli powinni przyjmować 150 mg leku raz w tygodniu, aż do momentu zastąpienia zakażonego paznokcia przez nowy (zazwyczaj 3-6 miesięcy w przypadku paznokci dłoni i 6-12 miesięcy w przypadku paznokci stóp).
W przypadku zapobiegania zakażeniom grzybiczym u chorych z upośledzoną odpornością, z przedłużającą się neutropenią (np. u osób z nowotworami krwi otrzymujących chemioterapię lub będących po przeszczepieniu krwiotwórczych komórek macierzystych), dorośli powinni przyjmować 200-400 mg leku raz dziennie. Leczenie należy rozpocząć kilka dni przed spodziewaną neutropenią i kontynuować przez 7 dni po jej ustąpieniu, po zwiększeniu liczby neutrofili do ponad 1000 na milimetr sześcienny. Dzieci do 11 roku życia powinny przyjmować 3-12 mg leku na kilogram masy ciała dziennie.