Leczenie zaburzeń przemian magnezu zależy od tego, czy poziom magnezu w organizmie jest za wysoki, czy za niski. Jeśli poziom magnezu jest za niski, lekarz może zalecić suplementy magnezu do spożycia doustnie, czyli takie, które można po prostu połknąć. W niektórych przypadkach magnez może być podany dożylnie, czyli przez kroplówkę. Jeżeli poziom magnezu jest za wysoki, lekarz może zalecić leki moczopędne, które pomogą organizmowi pozbyć się nadmiaru magnezu przez mocz. Ważne jest też dostosowanie diety oraz regularna kontrola u lekarza.