Zaburzenia flory bakteryjnej układu moczowo-płciowego leczone są przede wszystkim antybiotykami, które wybiera lekarz na podstawie stanu zdrowia pacjenta oraz wyników badań. Czasami może być też potrzebne przyjmowanie probiotyków, czyli dobrych bakterii, aby przywrócić naturalną równowagę flory bakteryjnej. Należy pamiętać o regularnym piciu wody, co pomaga oczyścić układ moczowy. Jest to bardzo ważne, ponieważ pomocne bakterie i płyny pomagają usunąć szkodliwe organizmy, które mogłyby powodować infekcje.