Nieprawidłowe wchłanianie jelitowe może być spowodowane różnymi czynnikami. Do głównych należą: choroby przewodu pokarmowego, takie jak celiakia, czy choroba Crohna, które uszkadzają ścianę jelita, a tym samym uniemożliwiają prawidłowe wchłanianie składników odżywczych. Innym powodem może być niewystarczająca produkcja enzymów trawiennych, co utrudnia rozkładanie jedzenia. Zakażenia, operacje jelit oraz niektóre leki również mogą powodować ten problem.